尼安德特人如何消失或为何灭绝至今是一个争论的主题。有关尼安德特人灭绝的假说包括：人口下降、环境变化、与智人（即现代人类）竞争失败，以及基因同化。意大利和瑞士的研究人员在《Scientific Reports》上发表了一篇论文赞同基因同化的观点，认为尼安德特人是被现代人类吸收了，我们就是尼安德特人，不分彼此。尼安德特人部落的规模比智人的部落通常小一个数量级，当尼安德特人部落不断有智人迁入，反复的杂交和基因混合最终导致规模较小的尼安德特人被智人吸收。